主任：卓新平（兼） 副主任：唐晓峰 研究员：卓新平、王美秀、周伟驰 副研究员：董江阳、唐晓峰 助理研究员：刘国鹏、石衡潭、杨华明、孙艳燕

基督教研究室的主要任务和目标是从思想、历史与文化的角度，对包括新教、天主教和东正教在内的整个基督教做出全面深入的学术研究。主要开展的研究学科和领域包括：（1）基督教史；（2）基督教思想史；（3）基督教与社会文化的关系；（4）基督教在中国处境中的发展。该室与世界宗教所一道成立于1964年；已经取得了大量具有影响力的优秀科研成果，在国内保持着领先发展的态势和一流的学术水平，并在国际上拥有一定的知名度和影响力；是目前国内历史发展最悠久、学科门类最齐全、专业研究最系统的基督教学术研究机构。一些著名的基督教研究学者譬如赵复三、郑建业、高望之、颜昌友、唐逸、卓新平、乐峰、任延黎、段琦等人都曾经为推动研究室的发展做出过重要的贡献。该室现为中国社科院重点研究室。