冯今源主编的专著《引导宗教与社会主义社会相适应的理论与实践》于2009年8月由中国社会科学出版社出版，该书为冯今源等承担的院重大（A类）课题的最终成果，该书在全面系统梳理中国传统宗教以及民间信仰发展脉络，国际共运史上相关理论与实践的基础上，结合对新中国宗教政策的历史发展，对50年来我国宗教的发展历程以及各种错误宗教观的回顾与反思，对典型地区基督教、藏传佛教、伊斯兰教的田野调研，对新时期宗教领域面临的新情况、新问题的总结与分析，系统提出引导宗教与社会主义社会相适应的理论依据，实践基础，表现形式，具体内容以及对引导主体的要求，并对构建社会主义和谐社会事业中的宗教提出相应的意见与建议。