1998年，以中国社会科学院世界宗教研究所基督教研究室为依托平台，中国社会科学院基督教研究中心作为非实体性院属研究中心获准正式成立。凭借这一平台，基督教研究室得以承担课题、开展出版、组织会议和在学术层面联络全国基督宗教研究界的同行。中心第一届设主任1名、副主任3名，其中，名誉主任：刘吉（1998—），主任：卓新平（1998—2016），副主任：何光沪（1998—2016）、任延黎（1998—2016）、张西平（1998—2016）。

以中国社会科学院基督教研究中心名义主编的学术研究刊物、文集和论丛包括：《基督宗教研究》（1999年创刊）、《宗教比较与对话》（2000年创刊，共出六辑）和“基督教中国化研究丛书”等，旨在为基督宗教研究、宗教的比较与对话以及基督教中国化研究提供一个开放性学术园地，反映相关领域的研究成果和最新进展。其中，截至2024年初《基督宗教研究》已先后出版33辑，2019年获评CSSCS核心来源辑刊，2023年获评中国社科院评价院AMI核心集刊，目前杂志主编为卓新平研究员（执行主编为刘国鹏研究员）。